Po Jiřím Zeronikovi přiznal kriminální aktivity na projektu renovace kostela svaté Máří Mgdalény další podnikatel. Jeden z obžalovaných doznal, že Metrostavu vystavoval fiktivní faktury, ze kterých se pak rozdělovaly úplatky.

Zatímco zástupci obžalované liberecké firmy Gallos, jako například její majitel Radek Scvoboda obžalobu odmítají s tím, že velké částky Metrostavu jejich firmy fakturovaly proto, že si samy musely najímat subdodavatele, jiní podnikatelé, kteří se na stavbě pohybovali, jsou o dost otevřenější.

Například obžalovaný Libor Turský, který před soudem doznal, že Metrostavu po domluvě fakturoval záměrně vysoké a fiktivní částky. Ty pak měly, jak padlo před soudem sloužit jako úplatky.

Firma Metrostav stavbu přitom nestandardně sama financovala (poskytla příjemci dotace, společnosti GEPO úvěr ve výši 55 milionů, což byla zhruba i samotná výše dotace). Podle policií zajištěných důkazů se mělo jednat rovněž o schválně navýšené náklady u stavby, které se pak měly rozdělit mezi obviněné. Hejtman Martin Půta například na tajných  schůzkách aktivně ovlivňoval proces přidělování, když spolu s příjemci organizoval divadlo pro ostatní hodnotitele, kterým předsedal v Regionální radě ROP Severovýchod, která o rozdělení peněz rozhodovala.

S takovým tvrzením ale nesouhlasí zástupci firmy Metrostav. U soudu to uvedla zmocněnkyně Metrostavu Vladislava Veselá. Ta popřela, že by měl Metrostav jakékoliv černé fondy určené na úplatky pro politiky a úředníky. Podle ní se nikdy nedopustil žádného nezákonného nebo nemravného chování a u svých zaměstnanců, kteří jsou obžalování, tedy u Jana Petráně a Jaroslava Stuchlíka, ctí presumpci neviny, byť byli pokráceni na platu.

Metrostav se snaží být i stranou poškozenou, jelikož si na společnosti GEPO nárokuje částku 43,5 milionu za práce, které na kostele sv. Máří Magdalény provedl, ale nebyly proplaceny, jelikož v souvislosti s policejním zásahem byla zastavena dotace. Aby byl Metrostav zároveň v roli poškozeného ale odmítá státní zástupce Radim Kadlček, který argumentuje tím, že Metrostav je zároveň spolupachatelem trestných činů, které se u soudu řeší.